Заповедник получил лицензию  Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды № Р/2012/2140/100/Л от 24.09.2012 г. на осуществление деятельности в области гидрометеорологии и в смежных с ней областях, включающей в себя: а) определение уровня загрязнения атмосферного воздуха, почв, водных объектов в части отбора проб; б) подготовку и предоставление потребителям аналитической и расчетной информации о загрязнении атмосферного воздуха, почв, водных объектов; в) формирование и ведение банков данных о  загрязнении атмосферного воздуха, почв, водных объектов.

    

   Сотрудники заповедника участвуют в экологической экспертизе промышленных предприятий на территории Бодайбинского района Иркутской области, составляя заключения о произрастании лекарственных, пищевых, редких, реликтовых видов растений на участках гослесфонда, передаваемых под разработку полезных ископаемых, строительство объектов инфраструктуры на участках золотодобычи.

   Выполнен проект «Оценка фонового состояния окружающей среды» и подготовлена программа мониторинга состояния окружающей среды участка «Уряхское рудное поле», расположенного на сопредельной с заповедником территории.

   Подготовлены отчеты по состоянию окружающей среды на смежной территории  по программе мониторинга на участке «Уряхское рудное поле» (Бодайбинский район Иркутская область) за 2011 -2013 гг.

В 2015 г. на территории к. Амалык заповедника установлена автоматическая метеостанция Vantage Pro2. Научным отделом ведется ежегодный экологический мониторинг биотических и абиотических компонентов природной среды заповедника. Анализируются  метеорологические показатели, факторы антропогенного воздействия.

   На территории  заповедника заложены  площадки по мониторингу состояния популяций редких видов растений, занесенных в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Иркутской области, постоянные пробные площади по определению продуктивности фитоценозов и урожайности ягодников.

  Важной деятельностью на территории заповедника и на сопредельных с ним территориях является проведение мониторинговых исследований, целью которых является получение оперативной информации о состоянии природных комплексов заповедника и их отдельных компонентов, а также многолетних рядов непрерывных наблюдений, характеризующих долговременные изменения этого состояния и отражающих изменения природной среды. На территории заповедника мониторинг включает в себя наблюдения за изменением уровня биоразнообразия и качественного состава биоты (флоры и фауны), в первую очередь, позвоночных животных  и сосудистых растений, наблюдения за состоянием популяций редких видов растений и животных, включенных в Красную книгу Иркутской области  и Российской Федерации, а также ценных видов, имеющих хозяйственное значение, наблюдения за состоянием экосистем и их параметрами, характеризующими «здоровье среды» (в том числе и на сопредельной с заповедником территории).