Исследования заповедной природы  проводят штатные сотрудники научного отдела заповедника и ученые сторонних организаций. Планируется и осуществляется научная работа с учётом  реальных потребностей и возможностей заповедника. Основной задачей  научного отдела является ведение «Летописи природы», которая решается путем ежегодного  сбора  данных для оценки состояния и изменения природных комплексов и естественного хода процессов, происходящих в природе заповедника.

   Составлен список редких, эндемичных, реликтовых видов растений, подлежащих охране на территории Бодайбинского района. Гербарий сосудистых растений заповедника насчитывает более 8000 листов. Имеется гербарий мхов и лишайников, база данных редких видов. К настоящему времени  составлен аннотированный список флоры высших сосудистых растений, в котором приводятся характер распространения по территории заповедника, степень редкости, основные места произрастания.  Ежегодно проводятся исследования основных  ягодников заповедника – определяется продуктивность, урожайность фитоценозов.

    С использованием фоторегистрирующих устройств сотрудники научного отдела изучают фауну заповедника, а именно, структуру популяции, относительную численность, суточную активность животных. Преимущество  фотоловушек в том, что возможно получать данные, которые нельзя получить иными способами – данные об активности животных в ночное время без причинения беспокойства  животным. Фаунистические исследования на территории заповедника ведутся в направлении инвентаризации видов наземных беспозвоночных, слежения за динамикой популяций редких и исчезающих видов животных, изучения экологии и биологии видов. 

  Планомерное изучение орнитофауны заповедника, начатое в 1983 г., было приостановлено в  середине 90-х годов прошлого века из-за отсутствия  специалиста. В настоящее время ведутся исследования миграций птиц,  состояния  гнездования,  фенологических явлений в жизни птиц, а также состояния популяций редких видов  птиц. 

   Результаты научных исследований  используются внутри заповедника для разработки и совершенствования мер по охране природных комплексов и в экологическом просвещении, что  способствует  популяризации природоохранной деятельности заповедника. Кроме того, потребителями научной продукции заповедника являются природоохранные организации и ведомства, научные и образовательные организации (в том числе и школы и дошкольные учреждения), библиотеки, аспиранты, докторанты, студенты, учителя школ и учащиеся, а также все интересующиеся проблемами сохранения окружающей природной среды.

  В заповеднике имеется научная библиотека, насчитывающая 1,5 тыс. книг, гербарий сосудистых растений – около 7000 листов, 32 тома Летописи природы, коллекция фоновых видов чешуекрылых, коллекция черепов мелких млекопитающих, зоологическая, орнитологическая, фенологическая, флористическая  картотеки.

Основные темы научно- исследовательских работ:

  1. Инвентаризация видов флоры (сосудистых растений, водорослей, мхов, лишайников, грибов) заповедника.
  2. Мониторинг состояния популяций редких и исчезающих видов флоры, фенологические и ценопопуляционные наблюдения за редкими видами
  3. Мониторинг состояния экосистемы озера Орон  
  4. Изучение продуктивности ягодников.
  5. Составление календаря природы, метеорологическая характеристика сезонов и субсезонов года, особенности наступления гидрологических явлений на водоемах заповедника, выявление видов феноиндикаторов по календарю природы
  6. Изучение миграционных процессов у птиц.
  7. Инвентаризация  орнитофауны.