В заповеднике  к настоящему времени  работало более 50 специалистов, докторов и кандидатов биологических наук из Иркутска, Москвы, Челябинска, Саратова, Томска, Красноярска, Кировска Мурманской области,  Якутска, Екатеринбурга, Новосибирска, Нижнего Новгорода  - университетов, институтов и научно-исследовательских учреждений – Центрального Сибирского ботанического сада, Лимнологического института, Сибирского института физиологии и биохимии растений, Института земной коры,  Института биологических проблем криолитозоны СО РАН,  Полярно-альпийского ботанического сада-института им. Н.А. Аврорина КНЦ РАН, Иркутского, Саратовского, Московского, Нижегородского, Челябинского  государственных университетов  и т.д.

   Учеными различных научных учреждений страны проводятся гидробиологические и ихтиологические исследования озера Орон и других водных объектов заповедника. Ниже приводится  далеко неполный перечень тем исследований, которые проводились на территории заповедника сторонними научными организациями по договорам в последние годы.

   По  договорам о научно-техническом сотрудничестве между ФГБУ Государственный природный заповедник «Витимский» и Федеральным государственным бюджетным учреждением науки Лимнологическим институтом СО РАН выполнено несколько тем: «Сейсмоакустическое профилирование донных осадков озера Орон с целью определения структуры осадочного чехла оз. Орон и уточнения его батиметрических параметров», «Изучение параметров ледников Советских географов и Тимашева», «Комплексное изучение механизмов функционирования внутриконтинентальных горных ледниковых систем в условиях меняющегося климата последних десятилетий». Составлена батиметрическая карта озера Орон.

  Сотрудники  Иркутского  государственного  университета работают по договорам: «Инвентаризационные работы по определению состава ихтиофауны водоемов и водотоков  Витимского заповедника, особенностях распределения рыб, питания,  биологических и экологических характеристиках,   подготовке программы мониторинга»,  «Гидрологическая и гидрохимическая характеристики водоемов и водотоков Витимского государственного заповедника, выявление антропогенных воздействий и степени их влияния на экосистемы водоемов, разработка системы мониторинга»,   «Исследование состава и количественных характеристик (плотность, биомасса) зообентоса и зоопланктона водоемов и водотоков Витимского государственного заповедника, выявление особенностей их сезонной динамики». В результате исследований определен состав ихтиофауны водоемов заповедника, особенности  распределения, установлены основные биологические показатели рыб и особенности их питания.  Описаны антропогенные воздействия, влияющие на экосистемы водоёмов.  Установлен  гидрохимический состав вод оз. Орон и его крупнейших притоков, а также р. Витим и ряда его притоков в пределах зоны  Витимского заповедника. Определены показатели минерализации, кислотности и содержания в водах основных биогенных элементов.

   С применением автономных регистраторов получены подробные данные о динамике температурного режима вод оз. Орон и прилежащих водоёмов на разных глубинных горизонтах в течение трёх летних месяцев. В результате исследований определены качественные и количественные характеристики зообентоса и зоопланктона водоемов заповедника, особенности их распределения, установлены изменения произошедшие в структуре зообентоса оз. Орон. Получены данные по структуре и количественным характеристикам зообентоса оз. Мал. Голубцовское.  Разработаны  программы  мониторинга зообентоса и зоопланктона, гидрохимических и температурных характеристик оз. Орон и основного течения р. Витим в пределах заповедника.

    По договору с Московским  государственным  университетом  им. М.В.Ломоносова  выполнена работа по теме: «Поиск геоморфологических  и седиментологических  следов палеоозера; определение абсолютного возраста рыхлых отложений и форм рельефа (времени обнажения скальных поверхностей) с целью проверки гипотезы о существовании в долине Витима в последнюю ледниковую эпоху (18-23 тысячи лет назад) ледниково-подпрудного озера».  В исследовании принимали участие ученые Стокгольмского университета (Швеция).

    По договору с Институтом  мониторинга климатических и экологических систем СО РАН (г. Томск)  выполнена исследовательская работа по теме  «Изучение естественной гибридизации сосны карликовой и сосны сибирской, особенностей семенной продуктивности в Северном Забайкалье».

   Заповедник  активно сотрудничает с научно-образовательными учреждениями. На территории заповедника работают студенты, ведется  сбор научного материала для написания курсовых, дипломных работ, кандидатских и докторских диссертаций.