Территория заповедника  делится на 3 участковых лесничества: Амалыкское (175904 га), Оронское (298699 га) и Уряхское (110418 га).  Численность службы охраны в настоящее время  составляет 14 человек, включая заместителя директора в области охраны окружающей среды.  Из-за отсутствия дорожной сети в районе расположения заповедника, значительной удаленности кордонов от города  существует кордонная система охраны территории.  Инспектора находятся на трех кордонах заповедника круглогодично. Оперативная группа создается приказом директора в летний период для работы в высокогорьях, если имеется финансовая возможность заброски людей вертолетом.

   Работа государственных  инспекторов в области охраны окружающей среды включает несколько блоков. Инспектора обеспечивают  соблюдение заповедного режима, предотвращая проникновение на территорию заповедника посторонних лиц, патрулируют границы. Они проводят комплекс противопожарных мероприятий по подготовке  к пожарному сезону и, при необходимости, тушат природные пожары. В обязанности инспекторов входит проведение простейших научных наблюдений за природой, ведение лесопатологического мониторинга – слежение за санитарным состоянием древостоев, обеспечение проведения научных экспедиций,  экологических детских лагерей на территории (сопровождение, охрана, соблюдение техники безопасности). В связи со значительной удаленностью территории  от центральной усадьбы, большой протяженностью границ для эффективной работы заповедника  большое значение имеет укрепление материально-технической базы. Отдел охраны обеспечен современными средствами связи: спутниковыми телефонами, рациями, на кордонах установлено оборудование спутникового  интернета. Для  патрулирования используются  лодки с  лодочными моторами, водометы, снегоходы. Приобретены  противопожарное оборудование, инвентарь, средства индивидуальной защиты.

   При существующей системе охраны заповедника постоянно контролируемой является  только западная граница по р. Витим. Причем наиболее  важным является крайний южный кордон Урях. Здесь непосредственно к территории заповедника примыкает лицензионный участок «Уряхское рудное поле», а выше по Витиму находятся другие золотодобывающие участки. На этот кордон  можно добраться по зимнику на автомашине из поселков Усть-Муя, Таксимо, сюда спускаются летом туристы  по р. Витим. Восточные границы, проходящие по высочайшим в Северном Забайкалье  водораздельным гребням, не патрулируются, т.к. для эффективной охраны здесь  нужен вертолет, чтобы забросить оперативную группу, продукты, снаряжение в верховья рек Ледниковая, Сыгыкта, Култушная, Амалык. 

    При планировании заповедника  предполагалось  использование авиации для  его нормального функционирования, ведения научных исследований, тушения лесных пожаров, патрулирования  и охраны границ. До 1992 г.  охрана восточных границ заповедника так и осуществлялась.